May 31, 2025 6:56 AM
Jun 01, 2025 5:32 AM

GitHub给出的三组数据分析

基因位置信息 pos

Chrom Start End Strand EnsemblID GeneID GeneSymbol GeneName FlankStart FlankEnd
chr6 29587455 29589038 + ENSG00000204657.3 ENSG00000204657.3 OR2H2 OR2H2 28587455 30587455
chr6 29602228 29633976 - ENSG00000204681.10 ENSG00000204681.10 GABBR1 GABBR1 28602228 30602228
chr6 29656981 29672372 + ENSG00000204655.11 ENSG00000204655.11 MOG MOG 28656981 30656981

第一组数据（GWAS/QTL分析结果）

SNP

ID Chromosome Position REF ALT rhyGene.ID rhyGene.name Sample.size.0 Sample.size.1 Sample.size.2 pval_0 phase_0 amp_0 pval_1 phase_1 amp_1 Chosen.model G.test_pval pval
chr1_27360875_C_G_b38 chr1 27360875 C G ENSG00000000938.12 FGR 261 249 59 0.000180832419495009 19.7954981855796 0.626899050968903 0.363501568701486 20.4849165555806 0.187448803585998 2 0 0.000188246580715082
chr1_28566248_G_A_b38 chr1 28566248 G A ENSG00000000938.12 FGR 257 239 73 0.475559478668355 20.083459926903 0.180310470825895 4.40078612105749e-06 19.2888997874427 0.72450220673997 3 0 9.32080383273013e-07

第二组数据（转录因子结合位点分析结果）

Motif Name TF rhyQTL+Motif+ rhyQTL+Motif- rhyQTL-Motif+ rhyQTL-Motif- OddsRatio p.value
HAWGRGGCCM Zac1(Zf)/Neuro2A-Plagl1-ChIP-Seq(GSE75942)/Homer Zac1 382 98642 29591 10642246 1.39272803677047 1.03295297264592e-09
AGGCCTAG ZNF711(Zf)/SHSY5Y-ZNF711-ChIP-Seq(GSE20673)/Homer ZNF711 245 98779 19098 10652739 1.38345904871476 1.59345282406859e-06
TWVGGTCCGC HINFP(Zf)/K562-HINFP.eGFP-ChIP-Seq(Encode)/Homer HINFP 92 98932 7215 10664622 1.37454681945809 0.0038517231022518
GCCACRCCCACY Klf9(Zf)/GBM-Klf9-ChIP-Seq(GSE62211)/Homer Klf9 931 98093 74030 10597807 1.35868651795896 1.06086771763029e-18
NNCACCTGCN E2A(bHLH),near_PU.1/Bcell-PU.1-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer E2A 615 98409 48906 10622931 1.35744374862607 7.92389543335335e-13
GAGCCTGGTACTGWGCCTGR ZNF322(Zf)/HEK293-ZNF322.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer ZNF322 1443 97581 115585 10556252 1.35054380817252 5.91542041548052e-27
GGCVGTTR MYB(HTH)/ERMYB-Myb-ChIPSeq(GSE22095)/Homer MYB 85 98939 6825 10665012 1.34248473138453 0.00955284635209933
ATGCCCTGAGGC AP-2alpha(AP2)/Hela-AP2alpha-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer AP-2alpha 461 98563 37166 10634671 1.3383339817007 2.94136108801228e-09
NRGCCCCRCCCHBNN KLF3(Zf)/MEF-Klf3-ChIP-Seq(GSE44748)/Homer KLF3 1379 97645 111645 10560192 1.335814286027 3.28264496541527e-24
CAAGGHCANV SF1(NR)/H295R-Nr5a1-ChIP-Seq(GSE44220)/Homer SF1 358 98666 28998 10642839 1.33169320334341 2.57489163492042e-07

第一组数据（GWAS或QTL分析相关）

这组数据看起来像是基因组关联研究（GWAS）或数量性状位点（QTL）分析的结果，主要研究基因组中的变异（如单核苷酸多态性，SNP）与某种性状（可能是基因表达的节律性）之间的关联。

数据字段解释：

  1. ID：变异的唯一标识符，格式为染色体_位置_REF_ALT_版本，例如chr1_27360875_C_G_b38表示位于1号染色体27360875位置，参考等位基因为C，替代等位基因为G，基于GRCh38基因组版本。
  2. Chromosome：染色体编号，如chr1表示1号染色体。
  3. Position：变异在染色体上的位置。
  4. REF：参考等位基因。
  5. ALT：替代等位基因。
  6. rhyGene.ID：与节律性相关的基因的ID，例如ENSG00000000938.12是Ensembl基因ID。
  7. rhyGene.name：基因名称，如FGR。
  8. Sample.size.0/1/2：不同样本组的样本数量，可能是根据某种表型或条件分组的样本数。
  9. pval_0/1：与节律性相关的p值，表示该变异与节律性性状的关联显著性。
  10. phase_0/1：节律性相位，可能表示基因表达的周期性时间点。
  11. amp_0/1：振幅，表示基因表达的强度变化。
  12. Chosen.model：选择的统计模型编号。
  13. G.test_pval：G检验的p值，用于评估模型的拟合优度。
  14. pval：最终的p值，可能是经过校正后的显著性水平。

数据示例分析：

第二组数据（转录因子结合位点分析）

这组数据看起来是关于转录因子结合位点（TFBS）的分析，可能是通过ChIP-Seq实验和Homer工具进行的。

数据字段解释：

  1. Motif：转录因子结合位点的序列模式，如HAWGRGGCCM。
  2. Name：转录因子结合位点的名称，可能包含实验信息。
  3. TF：转录因子的名称，如Zac1、ZNF711等。
  4. rhyQTL+Motif+：与节律性QTL（数量性状位点）相关的结合位点的正向计数。
  5. rhyQTL+Motif-：与节律性QTL相关的结合位点的负向计数。
  6. rhyQTL-Motif+：与节律性QTL无关的结合位点的正向计数。
  7. rhyQTL-Motif-：与节律性QTL无关的结合位点的负向计数。
  8. OddsRatio：比值比，用于评估转录因子结合位点与节律性QTL之间的关联强度。
  9. p.value：显著性水平，表示转录因子结合位点与节律性QTL之间的关联是否显著。

数据示例分析：

数据的关联性

这两组数据可能来自同一个研究项目，但分析角度不同：

  1. 第一组数据关注基因组中的变异（如SNP）与基因表达节律性之间的关系。
  2. 第二组数据关注转录因子结合位点与节律性QTL之间的关系。

两组数据的共同点在于都与基因表达的节律性相关，但第一组数据更偏向于基因组变异层面，第二组数据更偏向于转录调控层面。通过结合这两组数据，可以更全面地理解基因表达节律性的调控机制，例如某些基因组变异可能通过影响转录因子结合位点来改变基因表达的节律性。